设计引物的网页软件（用什么软件设计引物）

本文目录一览：

• 1、.Primer5.0软件使用的优点及缺点。
• 2、【CircPrimer】circRNA引物设计
• 3、primer3.0在线设计引物-如何在Windows7系统中使用PrimerExpress3.0_百...
• 4、设计qPCR引物
• 5、在线引物设计primer-如何利用Primer6.0进行引物的设计?
• 6、primer5设计引物怎么修改tm

.Primer5.0软件使用的优点及缺点。

1、市场占有率遥遥领先，每天24小时热线服务，每天正常上班时间有一批人专门负责电话咨询，缺点就是不是自助开发的，继续第三方平台做的。

2、． 参数化设计，相对于产品而言，我们可以把它看成几何模型，而无论多么复杂的几何模型，都可以分解成有限数量的构成特征，而每一种构成特征，都可以用有限的参数完全约束，这就是参数化的基本概念。

3、功能比较强。主要用于消费电子行业及其模具。 缺点是二维图有点麻烦，复杂零件和复杂装配在前期全参造型速度较慢，后期修改参数很容易导致更新失败，相对UG工资较低。CAE、运动分析、加工不是强项。

4、缺点：系统局限性：只有WIN平台的习惯用Edius编辑视频的朋友可以尝试Edius官员推荐的Edius替代产品：Wondershare Filmora（中文名称是Meowing Factory），这也是一个非常好的视频编辑软件。

5、优点：稳定性较高 很多视频剪辑软件的剪辑效果其实是很不错的。

【CircPrimer】circRNA引物设计

circRNA引物设计对于初学者来说不太友好，下面就来介绍一款有意思的软件。

circ-HIPK3是人体细胞内含量丰富的一种环状RNA，它可以与多种miRNA结合，作为细胞生长的调节剂，影响肿瘤的形成。

circRNA定量验证 circRNA定量验证手段与常规PCR手段不同，常规手段是围绕目的片段的上下游分别设计PCR引物，称之为convergent primer，需扩增的片段位于上下游引物之间（如图1）。

divergent primers可以通过网站直接进行设计。理论上对于circRNA而言，divergent引物可以利用cDNA扩增出条带，而利用gDNA扩增不出条带；对作为control的线性RNA而言，cDNA和gDNA都可以扩增出条带。

circRNA验证时需针对backsplice junction位点处特异性的设计引物，称之为divergent primer。其他设计上的注意事项与常规PCR引物设计相同。

primer3.0在线设计引物-如何在Windows7系统中使用PrimerExpress3.0_百...

通过已有文献确认所需扩增序列的名字。从网上寻找该基因的全序列并存档，请确认序列引用页上“mRNA”标识。复制序列，将之粘贴至在线软件“Primer3”或“Primer5”上，设定参数，设计引物并存档。

首先得下载安装一个primer5的软件，网上百度搜索后即可下载获得 点击File下拉菜单，选择New，然后选择DNASequence 从word文件中copy目标序列，然后control+V到primer5的文本框中，选择Asis，点击OK。

打开NCBI上-BLAST-primer-blast网站，将上面复制的mRNA编号输入序列框中，下拉选项中选择你的物种，然后在Exon junction span下拉框选择Primer must span an exon-exon junction，设置引物长度最小和最大值，然后点击Get primer。

设计qPCR引物

1、PCR的技术的主要步骤：DNA变性：（90℃-96℃）：双链DNA模板在热作用下，氢键断裂，形成单链DNA。退火：（60℃-65℃）：系统温度降低，引物与DNA模板结合，形成局部双链。

2、引物最好在模板cDNA的保守区内设计；（2）引物长度一般在15~30碱基之间，过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应；（3）引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃。

3、引物长度在 20~25bp 较好，而且上下游引物间不要相差超过 5bp； 再就是看看 Tm 值，60℃左右，相差不要超过 1℃。

4、你实验的时候可以做一个NRT的对照看一下有没有基因组污染。我做好几个基因的引物就没有跨外显子设计，用的是R223 HiScript Ⅱ Q RT SuperMix for qPCR（+gDNA Wiper），每次NRT也没有扩增，去除基因组效果不错。

在线引物设计primer-如何利用Primer6.0进行引物的设计?

打开NCBI上-BLAST-primer-blast网站，将上面复制的mRNA编号输入序列框中，下拉选项中选择你的物种，然后在Exonjunctionspan下拉框选择Primermustspananexon-exonjunction，设置引物长度最小和最大值，然后点击Getprimer。

引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性：在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。

首先得下载安装一个primer5的软件，网上百度搜索后即可下载获得 点击File下拉菜单，选择New，然后选择DNASequence 从word文件中copy目标序列，然后control+V到primer5的文本框中，选择Asis，点击OK。

网址引物设计和验证的推荐网站为：Primer-Blast。这是一个专门设计用于在已知序列上设计引物或探针的工具。

方法/步骤 首先打开NCBI，选择“Nucleotide”，并在搜索框输入基因名。一般用目标基因的突变体1去设计引物，也就是要选择目标基因的“transcriptvariant1，mRNA”，没有1就用3，以此类推。

primer5设计引物怎么修改tm

先下载好primer premier0软件，按注册机提示激活该软件，然后双击打开该软件。如下图示 然后进入NCBI数据库里面选择自己需要设计引物的基因，然后查找到该基因的DNA序列。

引物所对应模板位置序列的Tm 值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm 值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4（G+C）＋2（A+T），在Oligo 软件中使用的是最邻近法（the nearest neighbor method）。

引物长度，20bp；Tm值可以设置在55度（实验的时候可以用60度退火）；产物长度，100-150bp（如果没有合适的引物，产物长度可以设置在80-200）。

笔者在使用过程中发现一个严重的缺点，lasegene不能对引物进行编辑和修改，在这一点上Primer premier就做得好多了。软件各有所长，使用哪个软件完全取决于自己的习惯和爱好。

首先，退火温度＝4×（G＋C）＋2×（A＋T）－（5～8）只是粗算，有时不灵，但比较简便。其次，用primer5（oroligo6）计算，引物配对好后，primer5可以显示Tm，认为这个值就是退火温度，再加2or3度最好。